En el año 2000 la S.E.A. aprobó una estrategia de promoción de grupos de trabajo interno especializados en taxones o temas concretos. Con ello se pretendía apoyar el desarrollo de los estudios relacionados con tópicos concretos que, habitualmente, encuentran muchos problemas (debido a su teórico escaso tamaño potencial) para que sus estudiosos consigan auto-organizarse y promover actividades.

Los grupos de trabajo interno S.E.A. no tienen personalidad jurídica propia, pero disponen de unos estatutos de auto-regulación interna, de una considerable autonomía y de una Junta Directiva propia. Son grupos abiertos y gratuitos para los socios SEA y cuentan con el apoyo logístico y económico de la propia S.E.A.

Los grupos de trabajo SEA actualmente en funcionamiento son los siguientes:

· GTLI - Grupo de Trabajo sobre Lucánidos Ibéricos. Incluye a los interesados en el estudio y conservación de esta pequeña familia de coleópteros saproxilófagos en el ámbito Ibérico.

· GIA - Grupo Ibérico de Aracnología. Grupo de trabajo sobre Arácnidos. Su ámbito de actuación es mundial, pero presta especial interés al área Ibérica e Iberoamericana. Cuenta actualmente con 200 socios de más de 25 países. Celebra todos los años unas Jornadas G.I.A., así como cursos de taxonomía y publica una revista especializada: Revista Ibérica de Aracnología.

· GNN - Grupo Navás de Neuropterología. Grupo centrado en el estudio de los órdenes neuropteroides de insectos.

· PHORON - Grupo de estudio sobre artrópodos exóticos e invasores en la Península Ibérica. Grupo constituido en julio del 2002 a partir de un acuerdo de colaboración con la Asociación Grupo Especies Invasoras (León). Los objetivos generales del grupo son el estudio y seguimiento de los artrópodos exóticos e invasores de la Península Ibérica. Se pretende realizar una amplia labor de divulgación que incluye aspectos aplicados (plagas potenciales, daños materiales y riesgos sanitarios, etc.), ecológicos (por el riesgo de impacto sobre ecosistemas y especies autóctonas) y teóricos (modelos de dispersión y colonización biológica, etc.).